Həmdəm Ağayev 1975-ci il sentyabrın 9-da Ağdam rayonunun Sırxavənd kəndində anadan olub. Ailəli idi. Bir oğul və bir qız atası idi. Həmdəm Ağayev 1993-1994-cü illərdə Birinci Qarabağ müharibəsində Ağdərə rayonunun müdafiəsi uğrunda döyüşlərdə iştirak edib. 1994-cü ilin mayında müharibənin bitməsindən sonra Həzi Aslanov adına Bakı Ali Birləşmiş Komandanlıq Məktəbinə daxil olan Həmdəm Ağayev, 1999-cu ildə ali hərbi təhsilini bitirdi və Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin sıralarında xidmətə başladı. Həmdəm Ağayev 2000-ci ildə Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin Naxçıvan MR ərazisində yerləşən hərbi hissəsində "leytenant" hərbi rütbəsində xidmətə başladı. O, 2003-cü ildə "Baş leytenant", 2004-cü ildə "Kapitan", 2006-cı ildə "Mayor", 2012-ci ildə isə "Polkovnik-leytenant" hərbi rütbəsi aldı. Həmdəm Ağayev Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin 24 iyun 2010-cu il tarixli Sərəncamına əsasən "Hərbi xidmətlərə görə" medalı ilə təltif edildi. 2010-2017-ci illərdə Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin 4-cü Ordu Korpusunda xidmət edən Həmdəm Ağayev, 2017-2018-ci illərdə Qusar şəhərində yerləşən "N" saylı hərbi hissənin Komandir müavini - Qərargah rəisi vəzifəsində xidmət elədi. Həmdəm Ağayev 2018-ci ildən 4-cü Ordu Korpusunun Qərargah rəisi vəzifəsində xidmət edirdi. Azərbaycan Ordusunun polkovnik-leytenantı olan Həmdəm Ağayev 2020-ci il sentyabrın 27-də Azərbaycan Silahlı Qüvvələri tərəfindən Ermənistan işğalı altında olan ərazilərin azad edilməsi və Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün bərpa olunması üçün başlanan Vətən müharibəsi zamanı Füzulinin azadlığı uğrunda gedən döyüşlərdə savaşıb. Həmdəm Ağayev oktyabrın 9-da Füzuli döyüşləri zamanı şəhid olub. II Şəhidlər Xiyabanında dəfn olunub. Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün təmin edilməsi uğrunda döyüş əməliyyatlarına qatılan və hərbi hissə qarşısında qoyulmuş tapşırıqların icrası zamanı vəzifə borcunu şərəflə yerinə yetirdiyi üçün Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin 15.12.2020-ci il tarixli Sərəncamına əsasən Həmdəm Ağayev ölümündən sonra "Vətən uğrunda" medalı ilə təltif edildi. Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün bərpa edilməsi zamanı döyüş əməliyyatlarının rəhbəri olan, düşmənin canlı qüvvəsinin məhv edilməsində rəşadət göstərən, vəzifə borcunu ləqayətlə və vicdanla yerinə yetirdiyinə görə Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin 15.12.2020-ci il tarixli Sərəncamına əsasən Həmdəm Ağayev ölümündən sonra "Azərbaycan Bayrağı" ordeni ilə təltif edildi. Azərbaycanın Füzuli rayonunun işğaldan azad edilməsi uğrunda aparılan döyüş əməliyyatlarına qatılaraq şəxsi igidliyi və şücaəti nümayiş etdirdiyinə görə Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin 25.12.2020-ci il tarixli Sərəncamına əsasən Həmdəm Ağayev ölümündən sonra "Füzulinin azad olunmasına görə" medalı ilə təltif edildi.